Het onderzoek van de Manueel therapeut bestaat in de eerste plaats uit een gesprek met de patiënt. In dit eerste gesprek zal de Manueel therapeut onder andere vragen naar het ontstaan van de klachten, wanneer de klachten optreden, hoelang de klachten bestaan en wat de klachten doet toe- of afnemen. Daarna volgt een lichamelijk onderzoek, waarbij de Manueel therapeut de houding en het bewegen beoordeelt en,met specifieke bewegingen, de gewrichten onderzoekt.
Op grond van de gegevens uit het onderzoek kan een diagnose worden gesteld. Samen met de patiënt zal de Manueel therapeut beslissen of behandeling met Manuele therapie zinvol is en waaruit de behandeling zal bestaan. Als er behandeld gaat worden, dan zal deze behandeling niet alleen tot doel hebben de functie van de gewrichten te verbeteren, maar ook de houding en beweging tijdens het werk en in het dagelijks leven te optimaliseren. Tijdens de behandeling maakt de Manueel therapeut gebruik van specifieke bewegingen in de gewrichten die erop gericht zijn de beperkte beweeglijkheid te herstellen,bijvoorbeeld middels manipulaties (in de volksmond ook wel ‘kraken’ genoemd), of een teveel aan beweging te stabiliseren door middel van training.
In veel gevallen is het tijdens en na de behandeling door de Manueel therapeut zinvol via oefening de spieren te trainen zodat deze weer op een juiste wijze kunnen reageren op de herwonnen beweeglijkheid en qua kracht
en conditie weer op het juiste niveau komen. Hierdoor worden problemen in de toekomst voorkomen.